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菲登:脑膜炎和脑炎的临床元基因组测序

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在为期1年的多中心前瞻性研究中,我们调查了脑脊液宏基因组NGS在住院患者感染性脑膜炎和脑炎诊断中的有用性。通过正交实验室测试确认了宏基因组NGS上所有病原体阳性测试。通过与临床微生物测序委员会进行的电话会议和调查得出医师的反馈。通过回顾性图表审查评估临床效果。

我们在八家医院招募了204名儿童和成人患者。患者病情较重:重症监护病房已接受48.5%的治疗,所有研究患者的30天死亡率为11.3%。在57例患者中,共诊断出58例神经系统感染(占27.9%)。在这58例感染中,宏基因组NGS识别了13例(22%),这些在源医院的临床测试中没有发现。在其余的45种感染(占78%)中,宏基因组NGS在19例中同时诊断。在未通过宏基因组NGS鉴定的26例感染中,仅通过血清学检查诊断为11例,从脑脊液以外的组织样本中诊断出7例,阴性8例由于脑脊液中病原体效价低,因此在宏基因组学NGS中的应用。仅由宏基因组NGS做出的13项诊断中,共有8项具有可能的临床效果,

常规微生物检测通常不足以检测所有神经侵袭性病原体。在这项研究中,脑膜炎或脑炎患者脑脊液的巨基因组NGS改善了神经系统感染的诊断,并在某些情况下提供了可行的信息。

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